Ngày 01/4/1990, Pháp lệnh Thanh tra - một văn bản mang tính pháp lý cao được công bố. Pháp lệnh Thanh tra gồm 6 chương, 41 điều quy định về hệ thống tổ chức, nhiệm vụ, quyền hạn của Thanh tra Nhà nước, tổ chức Thanh tra nhân dân và trình tự thanh tra, Ủy ban Thanh tra Nhà nước được đổi thành Thanh tra Nhà nước. Cho đến thời điểm này, đây là văn bản có hiệu lực pháp lý cao của Nhà nước Việt Nam về công tác thanh tra, tạo cơ sở pháp lý và xác định rõ vị trí của công tác thanh tra trong sự nghiệp đổi mới đất nước.
Nguyên Tổng Bí thư Lê Khả Phiêu phát biểu tại lễ kỷ niệm 50 năm ngày truyền thống ngành Thanh tra Việt Nam.
Pháp lệnh Thanh tra ra đời đã đáp ứng được đòi hỏi cấp bách lúc đó là giữ vững trật tự, kỷ cương trong các hoạt động kinh tế - xã hội theo định hướng xã hội chủ nghĩa, đảm bảo cho quá trình đổi mới là phát triển kinh tế hàng hóa nhiều thành phần, bảo vệ lợi ích của Nhà nước, các quyền lợi và lợi ích hợp pháp của cơ quan tổ chức. Bên cạnh đó, Pháp lệnh còn có ý nghĩa quan trọng góp phần thực thi có hiệu quả các Nghị quyết Hội nghị Trung ương khóa VI vào cuối những năm 80.
Một trong những nhiệm vụ quan trọng đầu tiên, kể từ khi Pháp lệnh Thanh tra được ban hành, là củng cố và mở rộng hệ thống tổ chức ngành Thanh tra nhằm đáp ứng yêu cầu của thời kỳ đổi mới. Trên tinh thần đó, ngày 30/6/1990, Hội đồng Bộ trưởng ra Nghị định số 244/HĐBT về tổ chức hệ thống Thanh tra Nhà nước. Thực hiện Nghị định này, ngày 29/12/1990, Tổng Thanh tra Nhà nước ra quyết định về tổ chức bộ máy cơ quan Thanh tra Nhà nước bao gồm: Vụ Thanh tra kinh tế I, Vụ Thanh tra kinh tế II, Vụ Thanh tra Nội chính - Văn xã; Vụ Thanh tra xét khiếu tố, Vụ Tổng hợp - Pháp chế; Vụ Tổ chức cán bộ; Văn phòng và các đơn vị trực thuộc gồm: Trường Cán bộ Thanh tra và Tạp chí Thanh tra.
Thanh tra các bộ, ngành địa phương cũng được chú trọng hơn về số lượng và chất lượng. Chỉ trong năm 1990, hệ thống tổ chức của Thanh tra Nhà nước bước đầu được kiện toàn, tạo đà cho sự phát triển tiếp theo của lực lượng thanh tra. Trong xu thế phát triển chung của đất nước, từ đầu những năm 1990, hệ thống tổ chức Thanh tra bộ, ngành rất đa dạng và hình thành theo các nhóm, bao gồm: Thanh tra ở các bộ, ngành quản lý theo ngành dọc như: Bộ Quốc phòng, Nội vụ, Hải quan, Ngân hàng và Thống kê. Các tổ chức thanh tra này chịu sự quản lý lãnh đạo song trùng của Thanh tra Nhà nước cấp trên và của thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp. Chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn thanh tra được xác định theo thẩm quyền trong lĩnh vực quản lý của cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp. Tuy các tổ chức thanh tra bộ, ngành thuộc nhóm này được tổ chức tập trung hơn, song hoạt động vẫn còn hạn chế, nhất là đối với những nội dung thanh tra có liên quan đến trách nhiệm quản lý của bộ, ngành, các đơn vị trực thuộc bộ. Ngoài ra còn có các nhóm Thanh tra ở các bộ, ngành chưa quản lý theo ngành dọc và một số bộ, ngành có tổ chức Thanh tra chuyên ngành độc lập với Thanh tra bộ.
Năm 2003, cơ cấu tổ chức của cơ quan Thanh tra cũng như chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn của nó lại một lần nữa được kiện toàn và bổ sung trên cơ sở Nghị định số 46/2003/NĐ-CP ngày 09/5/2003 của Chính phủ. Thêm vào đó, hệ thống Thanh tra các bộ, ngành tiếp tục được kiện toàn và xây dựng về mặt tổ chức trên cơ sở các văn bản pháp lý. Đối với Thanh tra các địa phương, trước hết là Thanh tra các tỉnh tiếp tục ổn định về tổ chức, đồng thời xác định rõ hơn chức năng, nhiệm vụ và phạm vi đối tượng hoạt động của Thanh tra theo cấp hành chính, chủ yếu là thực hiện chức năng quản lý nhà nước về công tác thanh tra. Tập trung phối hợp chương trình, kế hoạch công tác về thanh tra trách nhiệm của thủ trưởng cơ quan hành chính nhà nước trong việc thực hiện chức trách, nhiệm vụ quản lý nhà nước của cấp và ngành, địa phương mình. Thanh tra việc liên quan đến trách nhiệm của nhiều ngành, nhiều cấp trong phạm vi địa phương mình quản lý. Các tổ chức Thanh tra quận, huyện và cấp tương đương được củng cố và kiện toàn thêm một bước.
Trước đòi hỏi ngày càng tăng của công cuộc xây dựng và bảo vệ đất nước, trong xu thế toàn cầu hóa, vai trò và vị trí của ngành Thanh tra được Đảng và Nhà nước coi trọng. Ngày 16/6/2004, Quốc hội thông qua Luật Thanh tra và ngày 26/4/2004, Chủ tịch nước công bố Luật Thanh tra. Điều đó khẳng định tầm quan trọng của công tác thanh tra trong việc thực hiện nhiệm vụ phát triển kinh tế - xã hội mà Đại hội Đảng IX năm 2001 đề ra. Luật Thanh tra là văn bản pháp lý cao nhất của Nhà nước đối với ngành Thanh tra gồm 5 chương, 70 điều quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, hệ thống tổ chức của ngành Thanh tra. Sự ra đời của Luật Thanh tra góp phần khắc phục sự hoạt động độc lập của các tổ chức thanh tra chuyên ngành với tổ chức Thanh tra nhà nước cấp Bộ đã tồn tại nhiều năm, gây những khó khăn, trở ngại cho Bộ trưởng, thủ trưởng ngành quản lý các hoạt động thanh tra, kiểm tra của Bộ. Chỉ một năm sau khi Luật Thanh tra được ban hành, cơ cấu tổ chức của Thanh tra Chính phủ tiếp tục được hoàn thiện trên cơ sở Nghị định 55/2005/NĐ-CP ngày 25/4/2005 của Chính phủ thay thế Nghị định số 46/2003/NĐ-CP ngày 9/5/2003.
Cùng với việc kiện toàn hệ thống tổ chức Thanh tra nhà nước là việc phát triển đội ngũ cán bộ, thanh tra viên vừa có trình độ học vấn, trình độ chuyên môn nghiệp vụ vừa có phẩm chất chính trị và đạo đức tốt. Sau 15 năm, kể từ khi Pháp lệnh Thanh tra được ban hành (1990), đội ngũ cán bộ, công chức ngành Thanh tra luôn luôn được bổ sung về số lượng và chất lượng. Cho đến năm 2005, cán bộ, công chức của toàn ngành Thanh tra đã lên gần 10.000 người, tăng 30% so với đầu những năm 1990 (khoảng 7.000 người). Song điều quan trọng là số cán bộ được bổ nhiệm vào các ngạch thanh tra chiếm tỷ lệ trên 60% và số có trình độ đại học và trên đại học chiếm khoảng trên dưới 70%.
Trong giai đoạn 1990 - 2005, toàn ngành Thanh tra tiếp tục đẩy mạnh các hoạt động trên nhiều lĩnh vực và đã thu được những thành tựu đáng kể. Thanh tra Nhà nước cùng với Thanh tra các bộ, ngành, các địa phương đã tiến hành hơn 100.000 cuộc thanh tra khác nhau, qua đó góp phần chấn chỉnh công tác quản lý nhà nước trên các lĩnh vực của đời sống xã hội, đặc biệt là những lĩnh vực có nhiều vấn đề bức xúc, nổi cộm, góp phần giữ vững kỷ cương trong việc thi hành các chủ trương, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước. Có thể nói, kết quả công tác thanh tra đã góp phần tăng cường pháp chế, đấu tranh phòng ngừa vi phạm pháp luật, chống tham nhũng. Hoạt động thanh tra đã góp phần từng bước lập lại kỷ cương pháp luật, trật tự xã hội, đã nêu hàng ngàn kiến nghị chấn chỉnh quản lý với các cấp lãnh đạo góp phần nâng cao hiệu lực quản lý nhà nước, hoạt động thanh tra đã gắn với việc thực hiện chính sách, thực hành tiết kiệm, chống lãng phí, chống tham nhũng, chống buôn lậu - một trong những nhiệm vụ, nội dung quan trọng, góp phần làm trong sạch bộ máy nhà nước và thực hiện cuộc vận động đổi mới, chỉnh đốn Đảng. Đây là những đóng góp thiết thực và quan trọng của ngành Thanh tra vào công cuộc đổi mới của đất nước.
Về công tác giải quyết khiếu nại, tố cáo, trong giai đoạn từ năm 1990 - 1998, (trước khi Luật Khiếu nại, tố cáo được ban hành) đã đạt được nhiều kết quả khả quan. Tuy khiếu kiện mỗi năm một tăng, nhưng số lượng vụ việc được giải quyết chiếm tỷ lệ khá cao, đạt gần 80%. Nhiều “điểm nóng” gây ảnh hưởng xấu về nhiều mặt đã được giải quyết kịp thời. Kỷ cương, luật pháp Nhà nước được tuân thủ. Công tác giải quyết khiếu nại, tố cáo ngày càng có vai trò quan trọng trong sự phát triển chung của đất nước. Ngày 02/12/1998, Quốc hội khóa X, kỳ họp thứ 4 đã thông qua Luật Khiếu nại, tố cáo thay thế Pháp lệnh khiếu nại, tố cáo năm 1991. Đây là văn bản có tính pháp lý cao nhất từ trước tới nay về khiếu nại, tố cáo của công dân gồm 9 chương, 103 điều, trong đó quy định cụ thể quyền, nghĩa vụ của người khiếu nại, người bị khiếu nại, người tố cáo, người bị tố cáo; thẩm quyền quản lý công tác giải quyết khiếu nại, tố cáo; việc tổ chức tiếp công dân... Việc ban hành Luật Khiếu nại, tố cáo là bước tiến quan trọng trong việc thể chế hóa quyền khiếu nại, tố cáo - một trong những quyền cơ bản của công dân được Hiến pháp ghi nhận. Ngay sau khi Luật Khiếu nại, tố cáo được Quốc hội thông qua, Chính phủ đã khẩn trương ban hành Nghị định số 67/NĐ-CP ngày 7/8/1999 quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật.
Luật Khiếu nại, tố cáo được ban hành và có hiệu lực đã góp phần tạo những bước chuyển biến mới trong công tác giải quyết khiếu nại, tố cáo của ngành Thanh tra. Khối lượng, mức độ phức tạp của các vụ việc được xử lý và giải quyết có hiệu quả ở giai đoạn từ năm 1999-2005 tăng hơn đáng kể so với giai đoạn trước đó. Bình quân mỗi năm ở giai đoạn này, số vụ việc khiếu nại, tố cáo phát sinh là 171.511, trong đó số vụ việc thuộc thẩm quyền của cơ quan hành chính các cấp là 120.189, đã giải quyết được 98.067 vụ việc, đạt 81,6%. Nhiều vụ việc khiếu kiện đông người đã được giải quyết tốt ở giai đoạn này với phạm vi rộng hơn ở nhiều địa phương như Thái Bình, Hà Tây, Nam Định, Bến Tre, Sóc Trăng, An Giang...
Có thể nói, kể từ khi Pháp lệnh Thanh tra được ban hành năm 1990, ngành Thanh tra bước vào thời kỳ mới, thời kỳ phát triển nền kinh tế thị trường nhiều thành phần theo định hướng xã hội chủ nghĩa, thời kỳ hội nhập kinh tế quốc tế với nhiều điều kiện thuận lợi và không ít những khó khăn. Trong xu thế đó, ngành Thanh tra Việt Nam đã góp phần quan trọng vào việc ổn định tình hình chính trị, giữ vững kỷ cương, luật pháp, đảm bảo an ninh trật tự xã hội để thực hiện mục tiêu phát triển của đất nước. Trong 15 năm (1990 - 2005), tập thể và cá nhân ngành Thanh tra đã liên tục được Đảng, Nhà nước và Chính phủ tặng nhiều danh hiệu cao quý trong đó có Huân chương Hồ Chí Minh và Huân chương độc lập. Tiếp nối truyền thống vẻ vang của các thế hệ đi trước, lực lượng Thanh tra đang tiếp tục phát huy những thành tích của mình trong mọi hoạt động của ngành nhằm đảm bảo cho pháp luật của Nhà nước được thực thi một cách có hiệu quả./.
Theo Lịch sử Thanh tra Việt Nam 1945 - 2005